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南京中医药大学继续教育学院、高等职业技术学院是学校下辖的办学实体，又是学校继续教育和高等职业教育的职能部门，两院全署办公。学院坐落在汉中门校区我院现有教职工1200人。

我校继续教育始于20世纪50年代，即我校前身的江苏省中医进修学校，至今已有半个世纪的历史。经过几代人的辛勤耕耘，尤其是改革开放以来，在学校党委和行政的领导下，各项工作成绩斐然。目前，办学形式已涵盖夜大学、函授、成人脱产三类成人高等学历教育，承担师资进修以及受有关主管部门委托举办各种专业证书教学班、进修班、培训班、自考班等非学历教育任务。分别在江苏省中医学校、海安、连云港、无锡、浙江金华、河南郑州等地设立了教学点。现有6个专科专业，6个本科专业，在校成人学历教育学生3500余人。

我校于2002年12月成立了高等职业技术学院，实行与继续教育学院两块牌子一套班子的管理体制。设中药学、护理学（中西医结合）、药学三个本科专业，2003年起面向全省招生，招生对象为医、药、护理、化工类中专应届毕业生（亦称“对口单招”）。考试录取办法根据国家招生计划，中药、护理专业按省定条件采取推荐加综合考试、药学专业由省进行统考，学校择优录取、省招办审批的办法。学生在校期间按照规定享受普教学生同等待遇，凡修完规定课程，成绩合格，符合学士学位条例者授予学士学位。现学生已划入各有关学院管理。

2004年4月19日学校党委（南中医大委组（2004）21号文）决定成立成人教育学院、高等职业技术学院党总支。现下设两个支部：继续教育学院院教工支部、学生支部。

2009年学院更名为南京中医药大学继续教育学院、高等职业技术学院。

招生对象和规模
(一)坚持四项基本原则，拥护改革开放政策，无违法行为;主要面向大专、中专和应届高中毕业生,具有高中阶段同等学历(技校、职高)基础较好、成绩优良者亦可报名。
(二)中药学和药学专业计划在江苏、安徽、山东及周边地区招生200人,名额有限，其他地区可适当调剂部分名额。 

专业设置==
     药学
    中药学
    会计学

收费标准
学费4600元/年,住宿费1500+200元/年（其中200元为水电费）,书本费500元/年（多退少补），保险费200元/年，体险费100元，卧具费350元（不需要卧具的学生也可自带）。
    报名须知
【报名时间】每年5月-9月
【报名方式】凭本人身份证、毕业证书或同等学历证明来我校报名，外地学员可通过本网站或电话报名,报名所需材料为近期免冠一寸照片6张,本人身份证、毕业证原件和复印件。我校在收到学生报名表15日内予以联系。经我校审核合格的学生，应根据要求在规定的时间内来我校报到并办理入学手续。